Le conseil d’administration comprend 14 membres élus pour 3 ans.
ll prépare le budget, fixe l’ordre du jour des assemblées générales, prépare les journées nationales des DRH d’établissements publics d’enseignement supérieur et participe à la définition des besoins en matière de formation. Il met en place les commissions thématiques d’études et désigne les représentants de l’association dans les diverses instances et groupes de travail officiels.
À l’initiative du bureau, le conseil d’administration se réunit au moins deux fois dans l’année.

Le président est élu pour 3 ans par et parmi les membres du conseil. Il représente l’association auprès des autorités nationales, des instances internationales, académiques et territoriales, et en justice.